Основну школу завршио је у Пљевљима, а богословско-учитељску у Призрену 1899. године. Након шест година завршио је Духовну академију у Петрограду (Русија). За вријеме турске управе у Старој Србији, стекао је нарочите заслуге на буђењу и јачању српске националне свијести. По завршетку Балканских ратова и ослобођењу Јужне Србије, преузео је пуну управу над Велешко-дебарском епархијом. У Првом свјетском рату је морао да напусти Јужну Србију, гдје је заједно са српским народом и војском прешао преко Албаније на Крф.

Послије рата, по жељи српске владе, отишао је у дипломатску мисију у Русију. Године 1920. Варнава је изабран за Митрополита скопског. За патријарха Српске Православне Цркве изабран је априла 1930. године. На челу Српске Православне Цркве налазио се свега седам година, од 1930. до 1937. године, као четрдесети патријарх. Варнава је новим Уставом цркве и строгим правилима устројио Српску Православну Цркву на модеран начин и успио да је одвоји од државе. У његово вријеме активиран је црквени живот, те је почела изградња многих храмова у Београду. Његовом иницијативом започета је градња Храма Светог Саве на Врачару. Такође, на мјесту старе Београдске митрополије подигао је нову зграду (зграду данашње Патријаршије у непосредној близини Саборног храма), као и манастир Ваведење на Сењаку, Храм Светог Кнеза Лазара на Звездари. За вријеме његове службе отпочете су градње многобројних храмова.

Патријарх Варнава је живио у тешка и несигурна времена доласка нациста на власт у Њемачкој, убиства краља Александра и Шпанског грађанског рата. Показао се као постојан и чврст, нарочито приликом покушаја стварања конкордата између Ватикана и Краљевине Југославије. Разлог одсуства попустљивости није био у томе што се начелно противио конкордату, већ зато што је сматрао да дати споразум фаворизује римокатоличку и исламску вјероисповест на рачун других вјерских заједница у Југославији.

Преминуо је изненада и мистериозно у 57. години живота у Београду, јула 1937. године. То се десило у моменту изгласавања поменутог конкордата у Скупштини Југославије, који, иако изгласан већином гласова, никада није ступио на снагу. Све до данас није нити потврђено нити оповргнуто мишљење да је отрован управо због свог непомирљивог става према конкордату.